Bagnaria liegt in der Lombardei, etwa vierzig Kilometer südlich von Pavia, eingebettet im Tal der Staffora. Die Gemeinde gehört zur bergigen Landschaft des Oltrepò Pavese und ist Teil der Comunità Montana Oltrepò Pavese. Direkt an der Grenze zur Provinz Alessandria gelegen, verbindet sie die lombardische Hügellandschaft mit dem piemontesischen Nachbarraum.
Erstmals erwähnt wird der Ort im Zusammenhang mit einer Straße, die heute als Provinzstraße weiter besteht. Diese Route führte einst von Voghera nach Bobbio und prägte die Verkehrsgeschichte der Region. Die Gemeinde entwickelte sich in einem Gebiet, das von sanften Hügeln und dem Fluss Staffora durchzogen ist.
Besonders bekannt ist Bagnaria für seine malerische Umgebung im Oltrepò Pavese. Die Gemeinde ist ein ruhiger Rückzugsort inmitten einer hügeligen Kulturlandschaft, die von Weinbergen und traditionellen Siedlungen geprägt ist.