Bernedo liegt in der baskischen Region Álava, eingebettet zwischen der Sierra de Cantabria und den Flüssen Ega und Ayuda. Ein großer Teil des Izki-Naturparks erstreckt sich über das Gemeindegebiet, das aus mehreren kleinen Orten wie Angostina, Arluzea oder Markinez besteht. Einige dieser Siedlungen wie Berrozi oder Izartza sind heute verlassen.
Die ersten schriftlichen Spuren der heutigen Ortsteile reichen bis ins 11. Jahrhundert zurück, als sie in Urkunden des Klosters San Millán erwähnt wurden. Bernedo selbst wurde im Mittelalter als befestigte Stadt mit Burg und markantem Turm bekannt. König Sancho VI. von Navarra erhob es 1182 zur Stadt, doch nach Jahrhunderten unter navarresischer Herrschaft fiel es 1476 an Kastilien und später an Vitoria-Gasteiz.
Besonders sehenswert ist die romanische Einsiedelei San Juan in Markinez, die als Kulturdenkmal geschützt ist. Einige Ortsteile wie San Román de Campezo oder Quintana blicken auf eine bewegte Geschichte zurück, etwa durch den Zuzug entvölkerter Nachbarorte oder den Verkauf an Adelsfamilien. Heute prägt die ländliche Idylle mit dem Naturpark das Bild der Gemeinde.
