Bonfol liegt im äussersten Nordosten der Ajoie, einer leicht gewellten Tafeljuralandschaft im Kanton Jura. Das ehemalige Strassenzeilendorf erstreckt sich in der Talniederung der Vendline, nahe der Grenze zu Frankreich. Mit einer Höhe von 432 Metern über dem Meeresspiegel und einer Fläche von 13,6 Quadratkilometern reicht das Gemeindegebiet von offenen Feldern im Westen bis zu ausgedehnten Wäldern im Osten, die die Wasserscheide zwischen Rhein und Rhone bilden.
Erstmals erwähnt wird Bonfol im Jahr 1136 unter dem Namen Bunfol. Die Geschichte des Ortes ist eng mit derjenigen der Ajoie verbunden, die zeitweise zum Fürstbistum Basel gehörte. Nach wechselnder Herrschaft unterstand Bonfol vom 16. bis 18. Jahrhundert dem Meieramt Coeuve. Während der französischen Zeit gehörte es zum Département du Mont-Terrible, bevor es 1815 an den Kanton Bern und schliesslich 1979 an den neu gegründeten Kanton Jura fiel.
Prägend für Bonfol war lange das Töpferhandwerk, das bereits im Mittelalter durch die hochwertigen Tonvorkommen im Ort bekannt war. Später entwickelte sich das Dorf zu einem Industriedorf, unter anderem mit Uhren- und Kugellagerherstellung. Bekannt wurde Bonfol jedoch vor allem durch die Sondermülldeponie der Basler Chemischen Industrie, die nach langem Streit und aufwendiger Sanierung bis 2016 vollständig geräumt wurde. Die Pfarrkirche Saint-Laurent und die Kapelle Saint-Fromont sowie die Étangs de Bonfol, ehemalige Fischweiher unter Naturschutz, prägen das Ortsbild.