Borja liegt im Nordwesten der Provinz Saragossa in Aragonien, etwa 65 Kilometer von der Provinzhauptstadt entfernt. Auf rund 450 Metern Höhe erhebt sich über der Stadt ein markanter Felsen, der Cerro de la Corona, während sich im Nordwesten der Weiler El Santuario de Misericordia anschließt. Der Jakobsweg führt durch das Gebiet, und das Klima ist mild mit etwa 450 Millimetern Niederschlag im Jahr.
Die Wurzeln Borjas reichen bis in die keltiberische Zeit zurück, als hier das Castrum Bursau stand, das sogar eigenes Geld prägte. Später wurde der Ort unter römischer Herrschaft Teil des Gebiets von Saragossa. Nach der islamischen Eroberung trug er den Namen Burya, bis die Christen ihn 1120 zurückeroberten. Im 15. Jahrhundert erhielt Borja Stadtrechte und erlebte durch die Vereinigung Kastiliens und Aragóns eine Blütezeit, die jedoch im Spanischen Erbfolgekrieg jäh unterbrochen wurde.
Die Stadt wird vom Burgfelsen geprägt, in dessen Gestein Weinkeller getrieben wurden. Das Rathaus aus dem 16. Jahrhundert zeigt ein prächtiges Wappen, während die Iglesia de Santa María eine Mischung aus Gotik und Neoklassizismus vereint. Berühmt wurde Borja 2012 durch die missglückte Restaurierung eines Freskos, das als „Ecce homo“ zum Internetphänomen wurde. Jährlich locken im September die Figuren der Gigantes y Cabezudos Besucher an.