Estamariu liegt abgelegen in den Bergen der südlichen Pyrenäen auf etwa 1085 Metern Höhe. Der Fluss Segre fließt an der Gemeinde vorbei und bildet im Südwesten und Südosten ihre natürliche Grenze. Von Lleida ist der Ort etwa 110 Kilometer entfernt.
Erstmals erwähnt wird Estamariu in historischen Dokumenten, ohne dass ein genaues Datum genannt wird. Die Geschichte des Ortes ist eng mit dem Benediktinerkloster Sant Andreu de la Quera verbunden, von dem heute nur noch Ruinen zeugen. Die Kirchen des Ortes – darunter die Cäcilienkirche, die Saturninuskirche und die Vinzenzkirche – spiegeln die religiöse Prägung der Region wider.
Besonders sehenswert sind die Überreste des Klosters Sant Andreu de la Quera sowie die Cäcilienkapelle. Die malerische Landschaft und die historischen Bauwerke machen den Ort zu einem ruhigen Rückzugsort abseits des Massentourismus.