Hendaye liegt ganz im Westen des Départements Pyrénées-Atlantiques, direkt an der Atlantikküste im französischen Baskenland. Der Ort wird vom Fluss Bidassoa durchflossen, der hier in einem kleinen Ästuar, der Bucht von Txingudi, in den Golf von Biskaya mündet. An der Flussmündung ragt auf französischer Seite die Landzunge Sokoburu hervor, während auf spanischer Seite das Kap Higuer gegenüberliegt. Jenseits des Bidassoa grenzt Hendaye an die spanische Stadt Irun.
Die Geschichte Hendayes ist eng mit politischen Ereignissen an der Grenze zu Spanien verknüpft. Während des Französisch-Spanischen Krieges wurde der Ort 1636 von spanischen Truppen besetzt. Auf der Fasaneninsel im Bidassoa wurde 1659 der Pyrenäenfrieden unterzeichnet, der den Konflikt beendete. Später trafen hier Ludwig XIV. und der spanische König Philipp IV. zusammen, um einen Heiratsvertrag zu besiegeln. Im Zweiten Weltkrieg spielte Hendaye eine Rolle, als Hitler und Franco sich hier trafen, um über Spaniens Beitritt zu den Achsenmächten zu verhandeln. Auch die Résistance war in der Region aktiv, besonders durch spanische Kämpfer, die nach dem Bürgerkrieg nach Frankreich geflohen waren.
Hendaye besticht durch seine Lage zwischen Meer und Fluss sowie durch historische Bauwerke wie das neugotische Schloss Abbadie, das dem Forscher Antoine Thomson d’Abbadie als Wohnsitz diente. Der Ort ist ein beliebter Ausgangspunkt für Wanderer, die den GR 10 oder den H.R.P. entlang der Pyrenäen erkunden möchten. Mit den spanischen Nachbarorten ist Hendaye durch mehrere Brücken verbunden, darunter Eisenbahn- und Straßenbrücken, die den Bidassoa queren. Die Stadt pflegt zudem Städtepartnerschaften mit Peebles in Schottland, Viana do Castelo in Portugal und Arguedas in Spanien.