Malý Bor liegt im Hügelland Blatenská pahorkatina, eingebettet in ein breites Tal, das der Bach Mlýnský potok durchfließt. Nördlich erheben sich markante Hügel wie die Radina und der Na Vrších, während im Süden der U Farského und die Hora das Landschaftsbild prägen. Durch den Ort führt die Staatsstraße I/22, die Horažďovice mit Klatovy verbindet. Mehrere Teiche wie der Zmrzlík und der Farský rybník liegen am Ortsrand und gliedern die Umgebung.
Die ersten Spuren menschlicher Besiedlung stammen aus der Bronzezeit, als ein Depot mit Beilen gefunden wurde. Im Frühmittelalter entstand der Ort vermutlich unter dem Einfluss der Burg Prácheň, an einem wichtigen Handelsweg zwischen Bayern und Böhmen. Die Kirche entstand zwischen 1200 und 1225, was auf eine ältere Gründung hindeutet. Im 13. Jahrhundert wurde die Feste Bor erstmals erwähnt, die im Besitz des Vladiken Bohuslav von Bor war. Im 15. Jahrhundert wurde der Ort während der Hussitenkriege schwer zerstört, doch nach dem Krieg wieder aufgebaut.
Heute ist Malý Bor ein malerisches Dorf mit einer historischen Kirche der hl. Maria Magdalena, die unter obrigkeitlichem Patronat stand. Die Umgebung mit ihren Hügeln und Teichen lädt zu Spaziergängen ein. Der Ort bewahrt Spuren seiner bewegten Geschichte, etwa die Überreste der alten Feste oder die Überlieferung zur Schlacht bei Panský Bor. Die Landschaft mit ihren sanften Erhebungen und stillen Gewässern prägt das Bild des Ortes.
