Marsaskala liegt an der Südostküste Maltas, wo sich eine schmale, fjordartige Bucht tief ins Landesinnere schiebt. Im Norden begrenzt der Żonqor Point die Bucht, im Süden das Kap Il-Ħamrija, das wegen seiner windigen Lage den Spitznamen Sibirien trägt. Die Küste wechseln sich zwischen niedrigen Klippen und felsigen Abschnitten ab, während im Osten Salzpfannen bis zur St. Thomas-Bucht reichen. Trotz fehlender Sandstrände lockt die Umgebung mit Möglichkeiten zum Tauchen und Schnorcheln.
Der Name Marsaskala geht vermutlich auf arabische und sizilianische Einflüsse zurück: „Marsa“ bedeutet Bucht, „Skala“ könnte sich auf kleine Buchten oder Treppen an der Küste beziehen. Frühe Siedler hinterließen Spuren aus der Jungsteinzeit und Bronzezeit, darunter mysteriöse Karrenspuren, die direkt ins Meer führen. Römische Funde wie Katakomben und Villen deuten auf eine frühe Bedeutung als Hafen hin. Im 17. Jahrhundert bauten die Johanniter den St Thomas Tower, um die Küste vor Angriffen zu schützen.
Heute prägen die moderne Pfarrkirche der hl. Anna und eine lebendige Promenade mit Geschäften und Restaurants das Bild. Jedes Jahr Ende Juli feiert das Dorf das Anna-Fest. Neben dem historischen St Thomas Tower gibt es weitere Türme wie den De Redin Watch Tower. Marsaskala ist zudem Mitglied im europäischen Städtebündnis Douzelage.
