Le Perthus liegt in den Ausläufern der Pyrenäen, etwa zwanzig Kilometer von der steilen Mittelmeerküste entfernt. Die Gemeinde besteht aus zwei Teilen: einem französischen Wohngebiet und dem spanischen Els Límits, wo Geschäfte mit steuerlich begünstigten Waren angesiedelt sind. Els Límits gehört zur katalanischen Gemeinde La Jonquera.
Die Geschichte des Ortes ist eng mit der Überquerung des Col du Perthus durch Hannibal und seine Elefanten im Zweiten Punischen Krieg verbunden. Später prägte die Festung Fort de Bellegarde aus dem 17. Jahrhundert die Region. Während der Retirada im Spanischen Bürgerkrieg flohen tausende Unterstützer der Zweiten Spanischen Republik durch Le Perthus nach Frankreich, wo sie auf engstem Raum zusammengetrieben wurden.
Heute ist Le Perthus ein wichtiger Verkehrsknotenpunkt. Die Autobahn A9 aus Frankreich und die A7 aus Spanien verlaufen oberirdisch und kreuzen sich in spitzem Winkel mit der Hochgeschwindigkeitsbahn LGV Perpignan–Figueres, die in einem Tunnel die Staatsgrenze unterquert. Beide Verkehrswege verbinden Frankreich im Nordosten mit Spanien im Südwesten.
