Malonty liegt im Süden Tschechiens, eingebettet in die westlichen Ausläufer des Gratzener Berglandes. Die Gemeinde ist etwa einen Tagesmarsch von Český Krumlov entfernt und von Wäldern und Hügeln umgeben. Zu den Nachbarorten zählen im Norden Desky, im Süden Bělá und im Westen Jaroměř.
Die Wurzeln des Ortes reichen ins 14. Jahrhundert zurück, als deutsche Siedler aus Oberösterreich hier ein Waldgebiet rodeten und das Dorf Meinetschlag gründeten. Urkundlich erstmals erwähnt wurde der Ort in einer lateinischen Urkunde, die vor Ort ausgestellt wurde. Im Laufe der Jahrhunderte wechselte Malonty mehrmals die Besitzer, darunter die Rosenberger und später die Familie Bucquoy. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde die deutsche Bevölkerung vertrieben, und der Ort lag lange im Sperrgebiet des Eisernen Vorhangs.
Heute prägen vor allem die barocke Ausstattung der St.-Bartholomäus-Kirche das Ortsbild. Die Kirche geht auf eine ältere Kapelle zurück und wurde über die Jahrhunderte erweitert. Ein bekannter Sohn des Ortes ist der katholische Prälat Carl Jänig, der im 19. Jahrhundert wirkte. Die umliegenden Wälder und die historische Bausubstanz verleihen Malonty seinen besonderen Charme.
