Meßkirch liegt im westlichen Oberschwaben, wo sich die Schwäbische Alb und die voralpine Moränenlandschaft treffen. Die Stadt befindet sich zwischen der Oberen Donau und dem Bodensee, etwa südwestlich von Sigmaringen. Durch das Stadtgebiet fließt die Ablach, die nahe der Europäischen Wasserscheide entspringt und später in die Donau mündet. Der Grabenbach mündet in Meßkirch in die Ablach, während sich nordwestlich der Südliche Heuberg bis fast 900 Meter erhebt. Zu Meßkirch gehören mehrere Teilorte wie Dietershofen, Heudorf und Menningen.
Die Geschichte der Besiedlung reicht bis in die Bronzezeit zurück, wie Grabhügel in der Umgebung zeigen. Die Römer hinterließen Spuren, darunter ein großes Landgut bei Heudorf, wo ein Fresko der Venus von Meßkirch gefunden wurde. Nach den Alamannen prägten die Franken das Gebiet, und Orte mit Namen auf -ingen und -dorf entstanden. Meßkirch wurde erstmals im 10. Jahrhundert als Messankilche erwähnt, abgeleitet von einer Kirche, in der die Messe gefeiert wurde. Im 13. Jahrhundert erhielt der Ort Stadtrecht und wurde zur Residenz der Truchsessen von Waldburg.
Meßkirch ist bekannt für sein historisches Stadtbild mit der Martinskirche aus der Zeit der Christianisierung und dem Alten Schloss, das im 14. Jahrhundert entstand. Die Stadt gehörte lange zur Herrschaft der Grafen von Zimmern, die ihr durch kulturelles Engagement Bedeutung verliehen. Heute ist Meßkirch Teil des Naturparks Obere Donau und beherbergt Schutzgebiete wie das FFH-Gebiet Ablach. Die Umgebung mit dem Südlichen Heuberg und den Flusslandschaften prägt das Bild der Stadt.