Molfsee liegt im Norden Deutschlands, eingebettet in die hügelige Landschaft des Ostholsteinischen Hügellandes. Die Eider fließt durch das Gebiet und bildet teilweise die Gemeindegrenze, während Seen wie der Molfsee, der Rammsee und der Schulensee das Bild prägen. Die Gemeinde besteht aus drei Ortsteilen: Molfsee, Rammsee und Schulensee, und grenzt im Norden an Kiel, im Süden an Flintbek und im Westen an Rumohr und Mielkendorf.
Erstmals erwähnt wurde Molfsee im Jahr 1238, als es aus zwölf Hufen bestand. Im 14. Jahrhundert reduzierte die Pest die Zahl der Höfe auf sieben, und das nahe Dorf Schulendorf verschwand. Später kam das Gebiet unter die Verwaltung des Klosters Bordesholm, das hier den Schulenhof errichtete. Im 19. Jahrhundert verlagerte sich das Ortszentrum durch den Bau der Altona-Kieler Chaussee, und nach dem Zweiten Weltkrieg wuchs die Gemeinde durch Zuwanderung und Bebauung stark an.
Heute ist Molfsee vor allem für sein Freilichtmuseum bekannt, das als größtes seiner Art in Schleswig-Holstein gilt. Hier sind historische Bauwerke zu sehen, darunter Haubarge, und es finden regelmäßig Märkte statt. Ein weiteres Wahrzeichen ist die Thomaskirche im Ortsteil Schulensee, die unter Denkmalschutz steht. Die Gemeinde ist zudem Heimat eines großen Sportvereins mit rund 3000 Mitgliedern.