Papenburg liegt im niedersächsischen Emsland an der Ems, die hier bis Herbrum von den Gezeiten geprägt wird. Die Stadt ist die nördlichste des Landkreises und grenzt im Norden an ostfriesische Gemeinden wie Weener. Mit den Kanälen Dortmund-Ems-Kanal und Küstenkanal ist sie Teil eines weitverzweigten Wasserstraßennetzes, das bis zur Nordsee führt.
Die Stadt entstand aus einer Fehnkolonie, die im 17. Jahrhundert zur Moorkultivierung gegründet wurde. Später entwickelte sich Papenburg zu einem Zentrum des Schiffbaus, wo Lastkähne und Segelschiffe entstanden. Die Meyer Werft machte die Stadt schließlich zu einem wichtigen Standort für den Bau von Hochseeschiffen.
Papenburgs Stadtbild wird von Kanälen und historischen Schiffen geprägt, die an die Zeit der Fehnkolonisation erinnern. Die Stadtteile Untenende und Obenende spiegeln diese Geschichte wider, wobei das Untenende als Zentrum mit öffentlichen Einrichtungen dient. In der Umgebung finden sich ausgedehnte Moore und Feuchtgebiete wie die Esterweger Dose, die heute unter Naturschutz stehen.