Windberg liegt in Niederbayern, eingebettet in die Region Donau-Wald. Die Gemeinde ist Teil des Landkreises Straubing-Bogen und arbeitet mit der Verwaltungsgemeinschaft Hunderdorf zusammen. Umgeben von sanften Hügeln und Wäldern, bildet der Ort einen ruhigen Kontrast zur umliegenden Landschaft. Die Gemarkung Windberg umfasst mehrere historische Gemeindeteile, die heute teilweise zu anderen Orten gehören.
Die Wurzeln des Ortes reichen bis ins frühe 12. Jahrhundert zurück, als Graf Albert I. von Bogen hier ein Kloster gründete. Windberg war lange Zeit Sitz der Grafen von Bogen und blieb bis zur Säkularisation 1803 eng mit dem Kloster verbunden. Nach der Auflösung des Klosters wurde die ehemalige Klosterkirche zur Pfarrkirche, während andere Gebäude neue Nutzungen fanden. Die Gemeinde erhielt ihre heutige Form 1818. Ein besonderes Erbe ist das Rautenwappen der Bogener, das später an die Wittelsbacher und schließlich an den Freistaat Bayern überging.
Heute prägen die wiederbelebte Klosteranlage und die Wallfahrtskirche Hl. Kreuz am Kreuzberg das Bild des Ortes. Die historische Klosteranlage mit ihrer Kirche ist größtenteils erhalten und wurde in den letzten Jahrzehnten sorgfältig restauriert. Windberg ist zudem Sitz einer katholischen Pfarrei und beherbergt eine Jugendbildungsstätte. Persönlichkeiten wie der Mystiker Wilhelm von Windberg oder der Politiker Bernhard Suttner verbinden den Ort mit überregionaler Geschichte und Gegenwart.