Windorf liegt im niederbayerischen Landkreis Passau, direkt am nördlichen Donauufer. Der Markt ist etwa 20 Kilometer von Passau entfernt und sieben Kilometer von der Autobahn 3 bei Aicha vorm Wald. Nachbarorte sind unter anderem Vilshofen an der Donau und Hofkirchen, während die Donau selbst die Grenze zu Passau bildet.
Erstmals erwähnt wurde Windorf im Jahr 1010 als Winidorf, als es an das Kloster Niedernburg überging. Später gehörte es zum Hochstift Passau und erhielt Mitte des 13. Jahrhunderts Marktrechte. Bis 1803 blieb es Teil des Hochstifts, bevor es an Bayern fiel. Im 19. Jahrhundert prägte der Schiffbau den Ort, bis die letzte Werft in den 1950er Jahren schloss.
Heute ist Windorf ein staatlich anerkannter Erholungsort mit historischen Bauwerken wie dem Schloss Rathsmannsdorf und der Pfarrkirche St. Michael in Otterskirchen. Das Schiffsmuseum erinnert an die einst blühende Schifffahrtstradition. Eine bekannte Sage erzählt vom „Windorfer Bärenfang“, der bis heute im Ort und sogar in einer österreichischen Partnerschaftsgemeinde verewigt ist.
