Malšice liegt in der Region Jihočeský kraj, etwa acht Kilometer südwestlich von Tábor und 43 Kilometer nördlich von České Budějovice. Die Gemeinde erstreckt sich über die Táborer Hochfläche, deren höchster Punkt 524 Meter über dem Meeresspiegel erreicht. Im Westen und Norden bildet die Lužnice teilweise die Gemeindegrenze.
Erstmals schriftlich erwähnt wurde Malšice im Jahr 1279. Lange Zeit blieb es ein einfaches Dorf, bis es 1868 zur Marktgemeinde erhoben wurde – ein Titel, der ihm 1954 wieder aberkannt und 2008 erneut verliehen wurde.
Das Ortsbild prägen vor allem historische Bauwerke wie die Kirche der Heiligen Dreifaltigkeit, die ursprünglich im 14. Jahrhundert als gotische Kirche entstand und im 18. Jahrhundert barock umgestaltet wurde. Eine bekannte Persönlichkeit aus Malšice ist der Jurist und Politiker Miroslav Kříženecký. Die Gemeinde ist zudem an die Eisenbahnstrecke zwischen Tábor und Bechyně angebunden.
