Peñaflor liegt in Andalusien, eingebettet zwischen den sanften Hügeln der Sierra Morena und dem breiten Lauf des Guadalquivir. Die Gemeinde gehört zur fruchtbaren Region Vega Alta und grenzt im Norden an die Provinz Córdoba. Ihre Nachbarorte sind Hornachuelos, Lora del Río, Palma del Río und La Puebla de los Infantes.
Die ersten Spuren menschlicher Besiedlung reichen bis in die Römerzeit zurück, doch der heutige Ort entstand vermutlich im Mittelalter. Seine Lage am Fluss und an alten Handelswegen prägte über Jahrhunderte die Entwicklung. Landwirtschaft und Handel bestimmten lange das Leben der Bewohner.
Heute ist Peñaflor vor allem für seine ländliche Idylle und die Nähe zum Guadalquivir bekannt. Die umliegenden Hügel laden zu Wanderungen ein, während der Fluss Erholung und Naturerlebnisse bietet. Die Gemeinde bewahrt damit ein Stück andalusisches Landleben zwischen Tradition und unberührter Landschaft.