Pfarrkirchen liegt im niederbayerischen Rottal am Fluss Rott, wo sich die Stadt vom Flussufer über die Höhen des Galgen- und Gartlberges bis zum Reichenberg erstreckt. Südlich der Rott schließt sich der Stadtteil Mooshof mit Industriegebiet an, während die umliegenden Ortsteile verstreut in der ländlich geprägten Landschaft liegen. Die Stadt ist über die Bundesstraße 388 mit Passau und München verbunden und etwa gleich weit von Straubing, Vilshofen an der Donau und Schärding entfernt.
Die erste urkundliche Erwähnung stammt aus dem späten 9. Jahrhundert als *pharrachiricha*, benannt nach seiner Kirche. Im Mittelalter gehörte der Ort zu den Wittelsbachern, erhielt 1317 Marktrechte und wurde 1862 zur Stadt erhoben. Die Eröffnung der Rottalbahn 1879 brachte den Anschluss an das Eisenbahnnetz. Seit der Gebietsreform 1972 ist Pfarrkirchen Kreisstadt und wuchs durch Eingemeindungen wie Reichenberg, Untergrasensee und Waldhof.
Die Stadt prägen historische Bauwerke wie die spätgotische Pfarrkirche St. Simon und Judas Thaddäus mit ihrem 67 Meter hohen Turm oder die barocke Marienwallfahrtskirche Gartlberg. Das Wimmer-Ross auf dem Stadtplatz erinnert an die Pferdetradition, während der Stadtweiher und die Kastanienallee auf der ehemaligen Befestigungsanlage Zeugnisse der Vergangenheit sind. Jährlich finden Trabrennen und internationale Sandbahnrennen auf der ältesten Trabrennbahn Bayerns statt.