Prachatice liegt im Vorland des Böhmerwalds, eingebettet zwischen Hügeln wie dem Libín und kleineren Erhebungen. Durch die Stadt fließt ein Bach, der später in einen größeren mündet. Verkehrlich ist sie durch eine Staatsstraße und eine Eisenbahnstrecke gut angebunden. In ihrer Nähe befindet sich ein Stausee im Blanicetal.
Die erste schriftliche Erwähnung des Ortes stammt aus einer Urkunde über den Weg von Passau nach Böhmen. König Vratislav II. schenkte den Ort dem Vyšehrader Domkapitel, das ihn als Stapelplatz für den Salzhandel nutzte. Später entwickelte sich hier eine Neustadt, die von den Herren von Witiejitz gegründet wurde. Die Stadt erhielt Stadtrechte und profitierte vom Salzhandel, bis dieser im Dreißigjährigen Krieg und durch politische Entscheidungen an Bedeutung verlor.
Heute prägen historische Gebäude das Bild der Stadt, darunter eine Jakobskirche, die mit dramatischen Ereignissen der Hussitenzeit verbunden ist. Die Lateinschule, die einst Jan Hus besuchte, unterstreicht die kulturelle Vergangenheit. In der Umgebung laden der Libín und das St. Margarethenbad zu Ausflügen ein.
