Scheer liegt an der Donau im Naturpark Obere Donau, wo sich die Schwäbische Alb in sanfte Hügel des Oberlands auflöst. Die Stadt thront auf einem letzten Kalksporn, den der Fluss in einer weiten Schleife umfließt, während sich das Tal darunter in weichere Gesteinsschichten weitet. Etwa zwei Fünftel des Stadtgebiets sind von Wald bedeckt, und im Westen reicht das Gemeindegebiet bis an die Ausläufer des Laucherttals.
Die ersten Spuren einer Besiedlung stammen aus der Bronzezeit, doch schon die Kelten hinterließen Grabhügel und nutzten die Furt an der heutigen Brücke. Der Name geht auf ihr Wort für Felsen zurück, die hier das Donauufer prägen. Später führten Römerstraßen durch das Gebiet, und bei Bauarbeiten fand man merowingerzeitliche Gräber mit Schmuck und Waffen. Im Mittelalter wurde Scheer zum Sitz einer Grafschaft und erhielt Stadtrechte, nachdem die Habsburger die Burg auf dem Felssporn zur Residenz erhoben.
Heute prägen das Schloss und die Pfarrkirche St. Nikolaus auf dem Felsen das Stadtbild. Der Stadtteil Heudorf gehört ebenfalls dazu, und die umliegenden Schutzgebiete wie das Donau- und Schmeiental laden zu Wanderungen ein. Die Donauaue mit ihren Auenwäldern und das Mühlbachtal sind Teil eines europäischen Naturschutznetzes.
