Stožec liegt im Böhmerwald, wo die Kalte und Warme Moldau zusammenfließen. Die Gemeinde erstreckt sich im engen Tal der Flüsse und grenzt im Südwesten an den bayerischen Ort Haidmühle. Auf ihrem Gebiet liegen mehrere Ortsteile wie České Žleby und Dobrá sowie Wüstungen ehemaliger Siedlungen. Der höchste Punkt ist der 1065 Meter hohe Stožec, nach dem der Ort benannt ist.
Die Geschichte von Stožec beginnt mit Holzfällersiedlungen und Sägemühlen, die seit dem 16. Jahrhundert im Tal betrieben wurden. 1709 entstand am Goldenen Steig, einer alten Handelsstraße, die Ortschaft Böhmisch Röhren. 1769 folgte die Gründung von Tusset als Holzfällersiedlung. Im 20. Jahrhundert wurde der Ort durch die Vertreibung der deutschsprachigen Bewohner nach dem Zweiten Weltkrieg geprägt.
Heute ist Stožec bekannt für seine Lage im Nationalpark Šumava, der durch Artenvielfalt und Wiederansiedlungsprojekte wie für Luchs und Habichtskauz hervorsticht. Die hölzerne Tussetkapelle auf dem Berg ist ein Wallfahrtsort und wurde mehrfach restauriert. Ein Eisenbahnmuseum und eine Museumsbahn erinnern an die historische Verbindung nach Bayern. Persönlichkeiten wie die Schriftstellerin Rosa Tahedl stammen aus dieser Region.
