Vodňany liegt im Nordwesten des Budweiser Beckens am rechten Ufer der Blanice, umgeben von großen Teichen im Norden und Osten. Die Stadt befindet sich etwa 28 Kilometer nordwestlich von Budweis und ist über die Staatsstraße 20/E49 nach Písek und Budweis sowie die Staatsstraße 22 nach Strakonice erreichbar.
Die Ansiedlung entstand im 12. oder 13. Jahrhundert als Fischerdorf am Flussufer. Im frühen 14. Jahrhundert erhielt sie Stadtrechte und entwickelte sich zu einem wichtigen Machtzentrum in Südböhmen. Während der Hussitenkriege wurde die Stadt erobert und zu einem Stützpunkt der Taboriten. Später prägten Fischzucht und Bergbau die Wirtschaft, bis Brände und Kriege im 18. Jahrhundert ihre Bedeutung minderten. Nach den Toleranzpatenten Kaiser Josephs II. zog neues Leben in die Stadt ein.
Besonders sehenswert sind die neugotisch umgestaltete Dekanatskirche Mariä Geburt mit Werken von Mikoláš Aleš, der Marktbrunnen mit einer Freiheitsstatue und die erhaltenen Befestigungsanlagen aus dem 15. Jahrhundert. Das Rathaus beherbergt eine städtische Galerie mit historischen Sammlungen. Persönlichkeiten wie der Geiger Váša Příhoda und der Schriftsteller František Herites stammen von hier. Die ehemalige Synagoge erinnert an die jüdische Gemeinde, die nach 1939 verschwand.
