Neunkirch liegt im Klettgau, etwa dreizehn Kilometer westlich von Schaffhausen. Im Südosten verläuft die Grenze zwischen Deutschland und der Schweiz. Das Landstädtchen ist Teil des Kantons Schaffhausen.
Erstmals taucht Neunkirch in einer Urkunde auf, die an das Kloster Rheinau ging. Später gehörte der Ort verschiedenen Herrschern, darunter dem Bischof von Konstanz. Nach einer Zerstörung wurde er planmäßig wieder aufgebaut und erhielt eine befestigte Struktur mit vier geraden Gassen. Im 15. Jahrhundert wurde Neunkirch mehrfach von feindlichen Truppen bedroht, doch erst 1525 kam es unter die Herrschaft von Schaffhausen. Die Bevölkerung litt unter hohen Abgaben und Vetternwirtschaft, bis sich die Lage durch politische Veränderungen im späten 18. Jahrhundert besserte.
Die Altstadt mit ihrem historischen Kern prägt das Bild Neunkirchs. Zwei evangelische Kirchen, die Stadtkirche und die Bergkirche, sind bedeutende Bauwerke. Im Schloss residierten einst die Vögte, heute beherbergt es ein Ortsmuseum mit besonderen Exponaten. Sportlich ist Neunkirch durch Vereine und einen Flugplatz für Segel- und Motorflugzeuge vertreten. Die Hochrheinbahn verbindet den Ort mit Schaffhausen und Basel.