Pegalajar liegt eingebettet in der Sierra Mágina, einem Abschnitt der Sierra Morena, etwa eine Stunde östlich von Jaén. Der Ort erstreckt sich auf etwa 800 Metern Höhe am Ufer des Guadalbullón und wird von einem Klima geprägt, das im Winter mild und im Sommer warm bis heiß ist. Die Niederschläge bleiben mit rund 610 Millimetern im Jahr eher gering und konzentrieren sich außerhalb der trockenen Sommermonate.
Erstmals erwähnt wird der Ort in historischen Quellen, doch seine heutige Prägung erhielt er vor allem durch die Landwirtschaft, die lange Zeit die Lebensgrundlage bildete. Im 20. Jahrhundert führte die zunehmende Mechanisierung zu einem spürbaren Rückgang der Bevölkerung, da viele Arbeitsplätze wegfielen.
Besucher finden in Pegalajar eine alte Burg und mittelalterliche Türme, die von der bewegten Vergangenheit zeugen. Die Kreuzkirche und die Kapelle Mariä Schnee sind ebenso sehenswert wie das historische Rathaus. Der Dichter Francisco Almagro, der hier lebte, verleiht dem Ort zusätzlich kulturelles Gewicht.
